El Tribunal Supremo español ha emitido dos sentencias que avalan la existencia de los conciertos a colegios que segregan por sexo, y que suponen un golpe importante para las comunidades autonómicas que desde hace años se oponen. Las resoluciones tienen su origen en la voluntad de retirar la financiación pública por parte de la Junta de Andalucía en las escuelas que educan por separado niños y niñas. En un primer momento, la justicia daba la razón a la Administración de acuerdo con la entonces vigente LOE (la ley de educación socialista), pero con la entrada en vigor de la LOMCE, y después de que los centros interpusieran recursos, el Supremo ha fallado a favor de estos conciertos.
El argumento del Gobierno andaluz era que las subvenciones públicas a estas escuelas van en contra de la Constitución española, que en su artículo 14 prohíbe la discriminación por razón de sexo. De hecho, la Junta recurrió la LOMCE al Tribunal Constitucional entre otras cosas porque consideran que incumple este punto. Pero antes de que el Constitucional se haya pronunciado, lo ha hecho el Supremo. Y este ha sentenciado que la conocida como ley Wert es «plenamente conforme» con la Carta Magna, y que «no se puede asociar la enseñanza separado con la discriminación por razón de sexo».
Este era uno de los objetivos del redactado de la LOMCE: blindar los conciertos de las escuelas que segregan por sexo ante algunas comunidades autónomas beligerantes. El Gobierno andaluz intenta retirarles el concierto desde 1999. En las Islas Baleares, el nuevo gobierno socialista lo ha intentado en dos ocasiones, después de que en la primera el Tribunal Superior de Justicia se lo denegara. En Cataluña, donde hay un total de 16 escuelas de este perfil, algunos grupos políticos han intentado aprobar el Parlamento resoluciones en contra de los conciertos. En la última ocasión, en marzo de 2016, Junts pel Sí y el PP lo impidieron. Otros ejemplos también los hay en Cantabria, en donde el Superior de Justicia también dio portazo a las intenciones del PSOE de que centros segregados no tuvieran concierto.
La consejera de Educación andaluza, Adelaida de la Calle, ha expresado que, a pesar acatar la decisión judicial, su administración quiere defender «un modelo educativo mixto» que responde a su concepto de «sociedad igualitaria y diversa», tal como recoge El País. De la Calle considera un error «que se sostenga con fondos públicos una educación que discrimina niños y niñas en pleno siglo XXI».